class: center, middle, inverse, title-slide # Programación con R ## Clase 5 ### <img src = 'https://github.com/Soma-dos-Quadrados/ArtesSoma/blob/main/simbolo_smfundo4.png?raw=true' width = '25%'> ### Marília Melo Favalesso --- ## Archivos - [enejul2018.csv](enejul2018.csv) - [juldic2018.csv](juldic2018.csv) ## Contenido de hoy .pull-left[ - [R Markdown](#RMarkdown) - [Instalación](#instalacion) - [Estructura de un R Markdown](#estructura) - [YAML](#YAML) - [Texto](#texto) - [Renderizado el documento](#renderizado) - [Chunk](#chunk) ] --- name: RMarkdown class: middle, center # R Markdown --- ## R Markdown <br> <br> .center[<img src="figs/1-Laura.png" style="width: 100%;">] <br> --- ## R Markdown <br> .center[<img src="figs/2-Laura.png" style="width: 80%;">] <br> --- ## R Markdown <br> .center[<img src="figs/3.2-Ellie.gif" style="width: 80%;">] <br> --- ## R Markdown <br> .center[<img src="figs/11-RMarkdown.png" style="width: 80%;">] <br> --- ## R Markdown <br> .center[<img src="figs/12-Laura.png" style="width: 75%;">] <br> --- ## R Markdown .pull-left[ - R Markdown es una poderosa herramienta para combinar análisis e informes en el mismo documento 💪. - Permite compartir un solo archivo que contiene todos el texto, el código R y los metadatos necesarios para reproducir un análisis de datos del principio a fin 😉. - No es necesário tener que conocer ningún código HTML o LaTeX ni preocuparse por obtener el formato correcto en un archivo DOCX de Microsoft Word 😎. - Puede generar una variedad de formatos diferentes, y todo esto se hace usando un solo archivo de texto con algunos bits de formato ✌. ] .pull-right[ .center[<img src="figs/70-rmrkdown.png" style="width: 80%;"> [R Markdown Reference Guide](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/R Markdown-reference.pdf) ] ] --- ## R Markdown ### Beneficios 👉 **Reproducible**: Documenta los pasos de una investigación o estudio científico. 👉 **Colaborativo**: Fácil de trabajar con otros en investigaciones y estudios científicos. 👉 **Eficiente**: Genere y actualice informes automáticamente (ej., HTML, MS Word y PDF). 👉 **Atractivo**: Incruste figuras, mapas y tablas interactivos en los informes (solo HTML). ### Aplicación .pull-left[ - [dashboard](https://pkgs.rstudio.com/flexdashboard/) - [site](https://bookdown.org/yihui/blogdown/) - [libros](https://bookdown.org/yihui/bookdown/) - [tesis](https://ourcodingclub.github.io/tutorials/rmarkdown-dissertation/) ] .pull-right[ - [diapositivas](https://beatrizmilz.github.io/IME-27-08-2019/#1) - [reportes](http://www.botanicaamazonica.wiki.br/labotam/doku.php?id=bot89:precurso:RMarkdown:inicio) - [póster académico](https://github.com/brentthorne/posterdown) - [↑ ¡mucho más!]() ] --- ## R Markdown .center[<img src="figs/13-RMarkdown.png" style="width: 75%;">] > P.S: Las diapositivas de la clase se realizaron con los paquetes **R Markdown** + **Xarigan**. --- ## R Markdown .pull-left[ .center[<img src="figs/7-markdown.png" style="width: 93%;">] ] .pull-right[ ### ¡Utilice **R Markdown** en todo! ----- La recomendación es crear un archivo **R Markdown** para cada uno de sus proyectos R. La intención es documentar tanto del proyecto como sea posible. ----- **R Markdown** proporciona un documento más legible con mejores descripciones de cómo y por qué se realizó una actividad que un script R estándar con algunas líneas comentadas. ----- ] --- ## R Markdown <br> .center[<img src="figs/14-RMarkdown.png" style="width: 95%;">] --- ## R Markdown .center[<img src="figs/15-RMarkdown.png" style="width: 40%;">] <!--- - *Markdown* es un lenguaje de marcado para desarrollar y formatear documentos; - El paquete `knitr` ejecutará "fragmentos" de código y generará un archivo **.Rmd** con los códigos y sus resultados. A continuación, pandoc, que es un conversor, lo convierte al formato de seado, generando los archivos en `.html`, `.docx`, `.pdf`, o `.odt`. ---> --- ## R Markdown <br> .center[<img src="figs/16-laura.png" style="width: 95%;">] --- name: instalacion class: middle, center # Instalación --- ## Instalación - Instalar el paquete `R Markdown`: ```r # Instalar desde CRAN install.packages('RMarkdown') # O si desea probar la versión de desarrollo, instálela desde GitHub: devtools::install_github('rstudio/RMarkdown') ``` ------ - Instalar el paquete `knitr`: ```r # Instalar desde CRAN install.packages('knitr') # O si desea probar la versión de desarrollo, instálela desde GitHub: devtools::install_github('yihui/knitr') ``` ------ > **Nota:** el uso de "::" ayuda a acceder a la función exacta de un paquete específico: `nombre del paquete::función()`. --- name: estructura class: middle, center # Estructura de un R Markdown --- ## Estructura de un R Markdown - Empiece a crear un documento: .center[ <button type="button">File</button> ⟶ <button type="button">New File </button> ⟶ <button type="button">R Markdown</button> ⟶ **OK** <img src="figs/17-RMarkdown.gif" style="width: 70%;">] --- ## Estructura de un R Markdown <br> .center[<img src="figs/17-yaml.png" style="width: 150%;">] --- ## Estructura de un R Markdown <br> .center[<img src="figs/18-texto.png" style="width: 150%;">] --- ## Estructura de un R Markdown <br> .center[<img src="figs/19-code.png" style="width: 150%;">] --- ## Estructura de un R Markdown <br> .center[<img src="figs/17-RMarkdown.png" style="width: 150%;">] --- name: YAML class: middle, center # YAML --- ## YAML - YAML es responsable de la configuración del documento. <br> .center[<img src="figs/20-yaml.png" style="width: 120%;">] --- ## YAML .center[<img src="figs/21-yaml.png" style="width: 75%;">] - En el ejemplo se define como salida `html_document`, pero podemos modificar esta salida a otros formatos. --- ## YAML ### Otros cambios - También podemos agregar otras informaciónes o cambiar configuraciones en nuestro documento ([consulte el documento de pandoc para obtener más información](https://pandoc.org/MANUAL.html#variables-for-latex)). - A continuación, se muestran algunos cambios que se aplican a **TODOS** los formatos de salida. .center[<img src="figs/54-yaml.png" style="width: 45%;">] - `fontsize: 10pt, 11pt o 12pt`. --- ## YAML ### Para salida en PDF - Especificar `output: pdf_document` en el encabezado **YAML** producirá un archivo `.pdf` formateado con **LaTeX**. <br> .center[<img src="figs/62-yaml.png" style="width: 40%;">] <br> - **LaTeX** (pronunciado LAY-tech) es otro lenguaje de marcado de documentos, que permite al usuario usar etiquetas para formatear texto sin formato con un control muy fino. ``` \color{red}{texto} ``` <p style="color:red">texto</p> --- ## YAML ### Para salida en PDF - La compilación de un archivo **LaTeX** en un documento PDF legible requiere que también se instale una distribución **TeX** (por ejemplo, [MikTeX](https://miktex.org/)). - Puede instalar una versión pequeña de **TeX** en su computadora directamente a través de **R** con el paquete [tinyTeX](https://yihui.name/tinytex/). ```r # Instalar desde CRAN install.packages('tinytex') # Instalar TinyTeX tinytex::install_tinytex() ``` > ¡Ahora es solo comezar a editar y generar sus archivos `.PDF` con R Markdown! > A continuación, hablaremos sobre algunos parámetros útiles para editar archivos `PDF`. --- ## YAML ### Para salida en PDF .center[<img src="figs/56-yaml.png" style="width: 70%;">] - Puede agregar una tabla de contenido usando la opción `toc=TRUE`. - Para especificar la 'profundidad' de los encabezados de la tabla de contenido tenemos la opción `toc_depth = 2`. - Puede agregar numeración de secciones a los encabezados usando la opción `number_sections: TRUE`. - Simplemente haga clic en el nombre de la sesión para acceder a ella <img src="figs/61-yaml.png" style="width: 3%;">. --- ## YAML ### Para salida en PDF <br> .center[<img src="figs/57-yaml.png" style="width: 70%;">] --- ## YAML ### Para salida en PDF <br> .center[<img src="figs/58-yaml.png" style="width: 50%;">] --- ## YAML ### Para salida en PDF <br> .center[<img src="figs/59-yaml.png" style="width: 50%;">] --- ## YAML - Otra opción útil es utilizar `xelatex` para cambinar la fuente de nuestro documento: <br> .center[<img src="figs/60-yaml.png" style="width: 50%;">] - `latex_engine: xelatex` permite el uso de fuentes del sistema (no disponible para el *default engine* `pdflatex`). > `mainfont: font-family` especifica la fuente que se utilizará. --- ### Ejercicio 🤓 <br> Comencemos por eliminar todo el contenido que tenemos en nuestro archivo **R Markdown**, con la excepción de *YAML*. .center[<img src="figs/22-texto.gif" style="width: 55%;">] --- ### Ejercicio 🤓 > ¡Elaboración de un CV! 1 - Cambie el formato de archivo a `PDF`. 2 - Incluya la siguiente información en el **YALM** de su documento: a) El título "Mi curriculum vitae". <br> b) Su nombre. <br> 2 - Eliminar el tópico "fecha". 4 - El archivo debe tener la siguiente configuración: a) Fuente: 12pt.<br> b) Márgenes: superior e inferior: 2 cm; izquierda y derecha: 1cm.<br> c) El interlineado debe ser 1.25.<br> d) El color de los enlaces debe ser azul. 5 - Guarda el archivo <img src="figs/64-disq.png" style="width: 3%;">. --- name: texto class: middle, center # Texto --- ## Texto ### Markdown <svg viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M593.8 59.1H46.2C20.7 59.1 0 79.8 0 105.2v301.5c0 25.5 20.7 46.2 46.2 46.2h547.7c25.5 0 46.2-20.7 46.1-46.1V105.2c0-25.4-20.7-46.1-46.2-46.1zM338.5 360.6H277v-120l-61.5 76.9-61.5-76.9v120H92.3V151.4h61.5l61.5 76.9 61.5-76.9h61.5v209.2zm135.3 3.1L381.5 256H443V151.4h61.5V256H566z"></path></svg> - Un lenguaje de *marcado simple*, **no** de programación. - Textos con caracteres no alfabéticos (`#`, `\`, `*`, `!`, `[]` y `()`), que se utilizan para configurar títulos, listas, cursiva, negrita e insertar imágenes. - Creado originalmente por [John Gruber](https://en.wikipedia.org/wiki/John_Gruber) y [Aaron Swartz](https://pt.wikipedia.org/wiki/Aaron_Swartz). - Vantajas son la simplicidad y la posibilidad de utilizar un lenguaje común para crear varios tipos de documentos (ej: HTML, PDF y Word). - Es como *word*, pero con una gama de aplicaciones mucho más amplia. --- ## Texto ### Markdown <svg viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M593.8 59.1H46.2C20.7 59.1 0 79.8 0 105.2v301.5c0 25.5 20.7 46.2 46.2 46.2h547.7c25.5 0 46.2-20.7 46.1-46.1V105.2c0-25.4-20.7-46.1-46.2-46.1zM338.5 360.6H277v-120l-61.5 76.9-61.5-76.9v120H92.3V151.4h61.5l61.5 76.9 61.5-76.9h61.5v209.2zm135.3 3.1L381.5 256H443V151.4h61.5V256H566z"></path></svg> .pull-left[ - *Markdown* fue diseñado originalmente para ser la abreviatura de *HTML*. Por ejemplo, para poner un texto en cursiva en *HTML*, lo encierra en `<em>texto</em>`. En *Markdown*, tenemos que hacer `*texto*`. - **R Markdown** usa la versión *Markdown* de [Pandoc](https://pandoc.org/MANUAL.html#pandocs-markdown), que difiere ligeramente del Markdown estándar. - Debido a su simplicidad, Markdown es muy fácil de usar 😺. ] .pull-right[<img src="figs/27-markdown.png" style="width: 75%;">] --- ## Texto ### Edición de texto .center[<img src="figs/23-markdown.png" style="width: 100%;">] - No inserte espacios entre las *tags* de formato y el texto. - Cualquier carácter precedido por una barra invertida (**\\**) se tratará como un carácter literal y no como una etiqueta de código: **\\\*cursiva\\\*** produce **\*cursiva\***. --- ## Texto ### Edición de texto <br> <img src="figs/26-markdown.png" style="width: 40%;"> - Las fórmulas matemáticas están escritas en [sintaxis de ecuación de LaTeX](https://latex.codecogs.com/eqneditor/editor.php). - Las fórmulas se escriben dentro de los signos de dólar (**$**) para luego convertirse en ecuaciones matemáticas con los símbolos apropiados. --- ## Texto ### Edición de texto .center[<img src="figs/24-markdown.png" style="width: 70%;">] - Para crear una lista, anteponga a cada elemento de la lista ***** (o **+** o **-**) y un espacio. - Para agregar sublistas, sangra 4 espacios. - Use números con puntos como *tags* para listas numeradas. --- ## Texto ### Edición de texto <img src="figs/30-markdown.png" style="width: 45%;"> <br> ``` [Accede al sitio web del curso aquí](https://introduccionalr.netlify.app/) ``` [Accede al sitio web del curso aquí](https://introduccionalr.netlify.app/) --- ## Texto ### Edición de texto <img src="figs/29-markdown.png" style="width: 40%;"> <img src="figs/28-markdown.gif" style="width: 40%;"> --- ## Texto <img src="figs/25-markdown.png" style="width: 60%;"> <br> --- ## Texto <img src="figs/25.2-markdown.png" style="width: 60%;"> <br> -- > También puede utilizar la dirección virtual de una figura para incluirla en su trabajo. Por ejemplo: > `` --- name: renderizado class: middle, center # Renderizado el documento --- ## Renderizado el documento - Genera el archivo PDF <br> .center[<img src="figs/33-rend.png" style="width: 70%;">] --- ## Renderizado el documento - Genera el archivo PDF <br> .center[<img src="figs/34-rend.png" style="width: 65%;">] --- ## Renderizado el documento - Genera el archivo PDF <br> <div class="background" style="width: 1050px; height: 440px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 10px;"> .center[<img src="figs/35-rend.png" style="width: 70%;">] --- ## Ejercicio 🤓 1 - Cree el tópico "Información personal" en su archivo R Markdown. A continuación, incluya las siguientes informaciónes: - Correo electrónico - Otros medios de contacto (site, twitter, researchgate, etc) 2 - Cree un tópico llamado "Educación" e incluya información sobre su formación académica. 3 - Cree un tópico llamado "Capacitación adicional" y agregue cursos que ya haya tomado. 4 - Incluye otros temas que creas que son importantes para tu **CV**, por ejemplo: - Premios por distinción académica - Publicaciones en congresos - Artículos científicos - Clases y / o cursos impartidos > ¡Utilice y abuse de las funciones de R Markdown! 5 - Genere el archivo en **pdf**. --- ## Ejercicio 🤓 .center[ <div class="background" style="width: 1050px; height: 530px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> <img src="figs/63-texto.png" style="width: 100%;"> ] --- name: chunk class: middle, center # Chunk --- ## Chunk <br> Los **code chunks** son fragmentos de código en R que se pueden ejecutar para generar resultados que se incorporarán al documento `.Rmd`. <br> <img src="figs/37-chunk.png" style="width: 35%;"> --- ## Chunk <br> Los **code chunks** son fragmentos de código en R que se pueden ejecutar para generar resultados que se incorporarán al documento `.Rmd`. <br> <img src="figs/38-chunk.png" style="width: 35%;"> --- ## Chunk <br> - Los `chunks` están delimitados por tres acentos graves (<img src="figs/42-chunk.png" style="width: 4%;">) en la parte superior e inferior. - Entre las llaves `{}` está el lenguaje de programación que estamos usando dentro del chunk. En nuestro caso, estamos usando `{R}`. <br> <img src="figs/39-chunk.png" style="width: 35%;"> <br> - Podemos utilizar otros lenguajes de programación: `python`, `css`, `SQL`, etc. --- ## Chunk - Escribimos nuestro código R entre los tres acentos graves... <img src="figs/40-chunk.png" style="width: 35%;"> <br> - ...y la R nos dará la salida de nuestra función debajo del `chunk`. <img src="figs/41-chunk.png" style="width: 35%;"> <br> --- ## Chunk - Puede insertar rápidamente `chunks` en su archivo con: - El atajo de teclado `Ctrl + Alt + I` (`OS X: Cmd + Opción + I`). - Escribiendo los delimitadores de un `chunk`: <img src="figs/45-chunk.png" style="width: 12%;">. - O con el comando `Add Chunk` en la barra de herramienta del editor <img src="figs/43-chunk.png" style="width: 3%;">. <br> .center[<img src="figs/44-chunk.png" style="width: 70%;">] <br> --- ## Chunk ### Definiciones <img src="figs/46-chunk.png" style="width: 45%;"> <br> - La salida del `chunk` se puede personalizar con las opciones de **knitr**, argumentos establecidos en el `{r ...}`. - Por ejemplo, podemos pedirle al chunk R que genere un gráfico, pero que no muestre el código que generó el gráfico. - Aquí veremos algunas de las diversas personalizaciones que podemos hacer. - Para más informaciónes, acceda: [R Markdown Reference Guide](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/R Markdown-reference.pdf) --- ## Chunk ### Definiciones <img src="figs/47-chunk.png" style="width: 38%;"> - Para evitar que el código y los resultados aparezcan en el archivo completo. - *R Markdown* aún ejecuta el código en el fragmento y los resultados pueden ser utilizados por otros fragmentos. -------- <br> <img src="figs/48-chunk.png" style="width: 38%;"> - Para evitar que el código - pero no los resultados - aparezcan en el archivo completo. - Esta es una forma útil de incorporar imágenes. --- ## Chunk ### Definiciones <img src="figs/49-chunk.png" style="width: 40%;"> - Evita que los mensajes generados por el código aparezcan en el archivo terminado. ------ <br> <img src="figs/50-chunk.png" style="width: 40%;"> - Evita que las advertencias generadas por el código aparezcan en el final. --- ## Chunk ### Definiciones <img src="figs/52-chunk.png" style="width: 40%;"> - Indica si el código debe ejecutarse. ------ <br> <img src="figs/51-chunk.png" style="width: 40%;"> - Agrega una leyenda a los resultados gráficos. --- ### Ejercicios 🤓 <br> > A cada 6 meses es necesario realizar un informe sobre el número de casos de dengue por provincia de Argentina. Los datos son del [Registro del Sistema Nacional de Vigilancia de la Salud para Argentina](http://datos.salud.gob.ar/dataset/vigilancia-de-dengue-y-zika/archivo/318834df-656d-4e71-9e87-195ebd96a0f8). > Para facilitar el trabajo, decidió crear un informe dinámico con R Markdown para ayudarle 👩‍💻. 1 - Cree un nuevo archivo R Markdown. En este archivo, incluya las informaciónes: - Titulo "Vigilancia de Dengue en Argentina" - Su nombre. - La fecha --- ### Ejercicios 🤓 2 - Crea un "chunk R". Configure el `chunk` para ocultar códigos, salidas y advertencias. Solo necesitas ejecutar los códigos. 3 - Al comienzo del `chunk`, incluya los paquetes que utilizará: ```r ## Paquetes ---------------------------------------------------------- library(tidyverse) library(kableExtra) ``` 4 - Crea dos objetos, uno llamado "mes_comiezo" y el otro "mes_final". En el primer objeto asigne el valor "enero" y en el segundo asigne "julio". Cree un tercer objeto llamado "año" y asigne el valor "2018". ```r ## Curso del tiempo -------------------------------------------------- mes_comiezo <- "Enero" mes_final <- "Julio" ano <- 2018 ``` --- ### Ejercicios 🤓 5 - Abra la siguiente base de datos en R: "`enejul2018.csv`". ```r ## Descarga de la base de datos -------------------------------------- datos <- read_csv2("enejul2018.csv") ``` ``` ## i Using "','" as decimal and "'.'" as grouping mark. Use `read_delim()` for more control. ``` ``` ## Rows: 660 Columns: 10 ``` ``` ## -- Column specification ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- ## Delimiter: ";" ## chr (4): departamento_nombre, provincia_nombre, evento_nombre, grupo_edad_desc ## dbl (6): departamento_id, provincia_id, anio, semanas_epidemiologicas, grupo_edad_id, cantidad_casos ``` ``` ## ## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. ## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message. ``` > ¿Qué variables están disponibles en esta tabla? --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Seleccione las columnas en las que queremos los datos. ```r datos %>% * dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) ``` ``` ## # A tibble: 660 x 3 ## provincia_nombre evento_nombre cantidad_casos ## <chr> <chr> <dbl> ## 1 Buenos Aires Dengue 1 ## 2 Buenos Aires Dengue 2 ## 3 Buenos Aires Dengue 1 ## 4 Buenos Aires Dengue 2 ## 5 Buenos Aires Dengue 1 ## 6 Buenos Aires Dengue 2 ## 7 Buenos Aires Dengue 1 ## 8 Buenos Aires Dengue 1 ## 9 Buenos Aires Dengue 1 ## 10 Buenos Aires Dengue 1 ## # ... with 650 more rows ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Agrupar datos por provincia y enfermedad. ```r datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% * group_by(provincia_nombre, evento_nombre) ``` ``` ## # A tibble: 660 x 3 ## # Groups: provincia_nombre, evento_nombre [14] ## provincia_nombre evento_nombre cantidad_casos ## <chr> <chr> <dbl> ## 1 Buenos Aires Dengue 1 ## 2 Buenos Aires Dengue 2 ## 3 Buenos Aires Dengue 1 ## 4 Buenos Aires Dengue 2 ## 5 Buenos Aires Dengue 1 ## 6 Buenos Aires Dengue 2 ## 7 Buenos Aires Dengue 1 ## 8 Buenos Aires Dengue 1 ## 9 Buenos Aires Dengue 1 ## 10 Buenos Aires Dengue 1 ## # ... with 650 more rows ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Suma el número de casos por provincia <div class="background" style="width: 1000px; height: 430px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> ```r datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% group_by(provincia_nombre, evento_nombre) %>% * summarise(total = sum(cantidad_casos)) ``` ``` ## # A tibble: 14 x 3 ## # Groups: provincia_nombre [12] ## provincia_nombre evento_nombre total ## <chr> <chr> <dbl> ## 1 Buenos Aires Dengue 152 ## 2 Buenos Aires Enfermedad por Virus del Zika 1 ## 3 CABA Dengue 111 ## 4 Chaco Dengue 581 ## 5 Córdoba Dengue 18 ## 6 Corrientes Dengue 15 ## 7 Entre Ríos Dengue 4 ## 8 Formosa Dengue 23 ## 9 Misiones Dengue 145 ## 10 Salta Dengue NA ## 11 Salta Enfermedad por Virus del Zika 36 ## 12 Santa Fe Dengue 6 ## 13 Santiago del Estero Dengue 100 ## 14 Tucumã Dengue 2 ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Muevamos "dengue" y "zika" de filas a columnas. <div class="background" style="width: 1000px; height: 430px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> ```r datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% group_by(provincia_nombre, evento_nombre) %>% summarise(total = sum(cantidad_casos)) %>% * pivot_wider(names_from = evento_nombre, values_from = total) ``` ``` ## # A tibble: 12 x 3 ## # Groups: provincia_nombre [12] ## provincia_nombre Dengue `Enfermedad por Virus del Zika` ## <chr> <dbl> <dbl> ## 1 Buenos Aires 152 1 ## 2 CABA 111 NA ## 3 Chaco 581 NA ## 4 Córdoba 18 NA ## 5 Corrientes 15 NA ## 6 Entre Ríos 4 NA ## 7 Formosa 23 NA ## 8 Misiones 145 NA ## 9 Salta NA 36 ## 10 Santa Fe 6 NA ## 11 Santiago del Estero 100 NA ## 12 Tucumã 2 NA ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Borra los datos de Zica. <div class="background" style="width: 1000px; height: 430px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> ```r datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% group_by(provincia_nombre, evento_nombre) %>% summarise(total = sum(cantidad_casos)) %>% pivot_wider(names_from = evento_nombre, values_from = total) %>% * dplyr::select(-`Enfermedad por Virus del Zika`) ``` ``` ## # A tibble: 12 x 2 ## # Groups: provincia_nombre [12] ## provincia_nombre Dengue ## <chr> <dbl> ## 1 Buenos Aires 152 ## 2 CABA 111 ## 3 Chaco 581 ## 4 Córdoba 18 ## 5 Corrientes 15 ## 6 Entre Ríos 4 ## 7 Formosa 23 ## 8 Misiones 145 ## 9 Salta NA ## 10 Santa Fe 6 ## 11 Santiago del Estero 100 ## 12 Tucumã 2 ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Ordene los datos en orden descendente. <div class="background" style="width: 1000px; height: 430px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> ```r datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% group_by(provincia_nombre, evento_nombre) %>% summarise(total = sum(cantidad_casos)) %>% pivot_wider(names_from = evento_nombre, values_from = total) %>% dplyr::select(-`Enfermedad por Virus del Zika`) %>% * arrange(desc(Dengue)) ``` ``` ## # A tibble: 12 x 2 ## # Groups: provincia_nombre [12] ## provincia_nombre Dengue ## <chr> <dbl> ## 1 Chaco 581 ## 2 Buenos Aires 152 ## 3 Misiones 145 ## 4 CABA 111 ## 5 Santiago del Estero 100 ## 6 Formosa 23 ## 7 Córdoba 18 ## 8 Corrientes 15 ## 9 Santa Fe 6 ## 10 Entre Ríos 4 ## 11 Tucumã 2 ## 12 Salta NA ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Cambiemos el nombre de las columnas. <div class="background" style="width: 1000px; height: 430px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> ```r datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% group_by(provincia_nombre, evento_nombre) %>% summarise(total = sum(cantidad_casos)) %>% pivot_wider(names_from = evento_nombre, values_from = total) %>% dplyr::select(-`Enfermedad por Virus del Zika`) %>% arrange(desc(Dengue)) %>% * rename(Provincia = provincia_nombre, Casos = Dengue) ``` ``` ## # A tibble: 12 x 2 ## # Groups: Provincia [12] ## Provincia Casos ## <chr> <dbl> ## 1 Chaco 581 ## 2 Buenos Aires 152 ## 3 Misiones 145 ## 4 CABA 111 ## 5 Santiago del Estero 100 ## 6 Formosa 23 ## 7 Córdoba 18 ## 8 Corrientes 15 ## 9 Santa Fe 6 ## 10 Entre Ríos 4 ## 11 Tucumã 2 ## 12 Salta NA ``` --- ### Ejercicios 🤓 6 - De la tabla "`datos`" contaremos el número de casos de dengue por provincia. - Guarde todo el proceso para producir la tabla en un objeto. ```r newdt <- datos %>% dplyr::select(provincia_nombre, evento_nombre, cantidad_casos) %>% group_by(provincia_nombre, evento_nombre) %>% summarise(total = sum(cantidad_casos)) %>% pivot_wider(names_from = evento_nombre, values_from = total) %>% dplyr::select(-`Enfermedad por Virus del Zika`) %>% arrange(desc(Dengue)) %>% rename(Provincia = provincia_nombre, Casos = Dengue) ``` --- ### <font color="red"> !!!! </font> - Puede insertar los resultados del código R directamente en los textos de R Markdown. - Debe incluir un acento grave, la letra `r`, un espacio, el nombre de su objeto y nuevamente un acento grave: <img src="figs/64-code.png" style="width: 13%;"> <br> .center[<img src="figs/65-code.png" style="width: 45%;">] <br> > Usemos esta función en nuestro ejercicio. --- ### Ejercicios 🤓 7 - Complete los espacios en el texto usando la sintaxis R. > En el período de `MES_COMIEZO` - `MES_FINAL` del año `AÑO`, Argentina totalizó `XX` casos de dengue, siendo la provincia de `XXXXX` la que presenta mayor número de afectados. 8 - Pegue el texto del *ejercicio 7* en su archivo R Markdown; abajo del `chunk`. --- ## `kable` - La función `kable()` en **knitr** es un generador de tablas muy simple - Es simple por diseño!! - Solo genera tablas para datos estrictamente rectangulares, como `matrix` y `data.frame`. No puede formatear mucho las celdas de la tabla o combinar celdas. - Sin embargo, esta función tiene una gran cantidad de argumentos para personalizar la apariencia de las tablas: ```r tabla %>% kable(format, # ('latex', 'html', 'pipe', 'simple') digits = getOption("digits"), # número de dígitos row.names = NA, # nombres de líneas col.names = NA, # nombres de columnas align, # Alineación de columnas: 'l', 'c', 'r' caption = NULL, # leyenda escape = TRUE) # escapar de characters especiales? TRUE/FALSE ``` --- ## `kableExtra` - El paquete `kableExtra` está diseñado para extender la funcionalidad básica de las tablas producidas usando `knitr::kable()`. - Dado que `knitr::kable()` es simple por diseño, definitivamente tiene muchas características faltantes que se ven comúnmente en otros paquetes, y `kableExtra` ha llenado el vacío perfectamente. - Lo más sorprendente de `kableExtra` es que la mayoría de sus características de tabla funcionan tanto para formatos **HTML** como **PDF**. - Para más informaciones: - ["*Create Awesome LaTeX Table with knitr::kable and kableExtra*" (Hao Zhu, 2020)](https://haozhu233.github.io/kableExtra/awesome_table_in_pdf.pdf). - Instalación: ```r install.packages("kableExtra") ``` --- ### Ejercicios 🤓 8 - Cree un nuevo `chunk` que muestre los resultados de la función, pero oculte el código. 9 - Insertemos una tabla con las provincias y el total de casos de Dengue en el texto usando el paquete `kableExtra`. <div class="background" style="width: 1050px; height: 445px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> ```r newdt %>% kbl(booktabs = T, # Incluye división entre extremos align = "c", # Alineación de la tabla en el texto caption = "Distribución de casos de dengue por provincia de Argentina.", # Leyenda longtable = T) %>% # Para tablas largas column_spec(1, # columna 1 width = "6cm", # 6cm de ancho latex_valign = "p") %>% # alineamiento vertical column_spec(2, # columna 2 color = "white", # color de las letras = blanco width = "2.5cm", # 2.5cm de ancho bold = T, # escribiendo en negrita background = spec_color(newdt$Casos, end = 0.9, option = "A", direction = -1)) # colorear las líneas de acuerdo con los valores ``` <table> <caption>Distribución de casos de dengue por provincia de Argentina.</caption> <thead> <tr> <th style="text-align:center;"> Provincia </th> <th style="text-align:center;"> Casos </th> </tr> </thead> <tbody> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Chaco </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(0, 0, 4, 1) !important;"> 581 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Buenos Aires </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(241, 96, 93, 1) !important;"> 152 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Misiones </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(243, 101, 92, 1) !important;"> 145 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> CABA </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(250, 126, 94, 1) !important;"> 111 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Santiago del Estero </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(251, 135, 97, 1) !important;"> 100 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Formosa </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(254, 192, 132, 1) !important;"> 23 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Córdoba </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(254, 194, 135, 1) !important;"> 18 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Corrientes </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(254, 196, 136, 1) !important;"> 15 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Santa Fe </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(254, 204, 142, 1) !important;"> 6 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Entre Ríos </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(254, 205, 144, 1) !important;"> 4 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Tucumã </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: rgba(254, 206, 145, 1) !important;"> 2 </td> </tr> <tr> <td style="text-align:center;width: 6cm; "> Salta </td> <td style="text-align:center;width: 2.5cm; font-weight: bold;color: white !important;background-color: #BBBBBB !important;"> NA </td> </tr> </tbody> </table> --- ### Ejercicios 🤓 10 - ¡Listo, salva en archivo y genera el PDF!. Comprueba los resultados de tu informe. <div class="background" style="width: 1050px; height: 480px; white-space: nowrap; overflow-x: scroll; border: 0; padding: 0px;"> <img src="figs/68-informe.png" style="width: 87%;"> --- <br> <img src="figs/66-ellie.png" style="width: 87%;"> --- <br> <img src="figs/67-ellie.png" style="width: 100%;"> --- ### Ejercicios 🤓 > El informe con datos sobre casos de dengue entre enero y julio de 2018 ya se ha entregado, ¡pero es hora de crear un nuevo informe! Con datos de julio hasta diciembre. 11 - Cree un nuevo archivo R Markdown. 12 - Copie y pegue toda la información de su informe anterior en este nuevo archivo. 13 - Cambie el contenido del objeto `mes_comiezo` para "*julio*" y de `mes_final` para "*Diciembre*". ```r mes_comiezo <- "Julio" mes_final <- "Diciembre" ano <- 2018 ``` 14 - Cambiar la tabla de datos que se cargará para `juldic2018.csv`. ```r datos <- read_csv2("juldic2018.csv.csv") ``` 15 - Guarde el archivo y genere el PDF. 16 - Compare los resultados de los dos informes. --- class: clear, center ## ¡Fin de clase! <img src="figs/69-fin.png" style="width: 50%;"> --- ## Tarea 💻 1. En lugar de una tabla, representa los datos del dengue con un gráfico. 2. Cambie la fuente a "Times New Roman". 3. Cambie el texto a dos columnas. 4. Agregue una figura o tabla con la distribución de los casos de dengue por edad. Escribe una oración que explique qué grupo de edad tiene el mayor número de casos. 5. Convierta el informe para los casos de virus del Zika, que también están disponibles en las tablas "`enejul2018.csv`" y "`juldic2018.csv`". No olvide cambiar el título y la información de la tabla. --- class: middle ## [¡No olvides tu tarea!](https://forms.gle/x4EbVJX76dZo3FQP9) <svg viewBox="0 0 640 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M224 256c70.7 0 128-57.3 128-128S294.7 0 224 0 96 57.3 96 128s57.3 128 128 128zm89.6 32h-16.7c-22.2 10.2-46.9 16-72.9 16s-50.6-5.8-72.9-16h-16.7C60.2 288 0 348.2 0 422.4V464c0 26.5 21.5 48 48 48h274.9c-2.4-6.8-3.4-14-2.6-21.3l6.8-60.9 1.2-11.1 7.9-7.9 77.3-77.3c-24.5-27.7-60-45.5-99.9-45.5zm45.3 145.3l-6.8 61c-1.1 10.2 7.5 18.8 17.6 17.6l60.9-6.8 137.9-137.9-71.7-71.7-137.9 137.8zM633 268.9L595.1 231c-9.3-9.3-24.5-9.3-33.8 0l-37.8 37.8-4.1 4.1 71.8 71.7 41.8-41.8c9.3-9.4 9.3-24.5 0-33.9z"></path></svg> <br> <br> ### Soma dos quadrados - <svg viewBox="0 0 496 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M165.9 397.4c0 2-2.3 3.6-5.2 3.6-3.3.3-5.6-1.3-5.6-3.6 0-2 2.3-3.6 5.2-3.6 3-.3 5.6 1.3 5.6 3.6zm-31.1-4.5c-.7 2 1.3 4.3 4.3 4.9 2.6 1 5.6 0 6.2-2s-1.3-4.3-4.3-5.2c-2.6-.7-5.5.3-6.2 2.3zm44.2-1.7c-2.9.7-4.9 2.6-4.6 4.9.3 2 2.9 3.3 5.9 2.6 2.9-.7 4.9-2.6 4.6-4.6-.3-1.9-3-3.2-5.9-2.9zM244.8 8C106.1 8 0 113.3 0 252c0 110.9 69.8 205.8 169.5 239.2 12.8 2.3 17.3-5.6 17.3-12.1 0-6.2-.3-40.4-.3-61.4 0 0-70 15-84.7-29.8 0 0-11.4-29.1-27.8-36.6 0 0-22.9-15.7 1.6-15.4 0 0 24.9 2 38.6 25.8 21.9 38.6 58.6 27.5 72.9 20.9 2.3-16 8.8-27.1 16-33.7-55.9-6.2-112.3-14.3-112.3-110.5 0-27.5 7.6-41.3 23.6-58.9-2.6-6.5-11.1-33.3 2.6-67.9 20.9-6.5 69 27 69 27 20-5.6 41.5-8.5 62.8-8.5s42.8 2.9 62.8 8.5c0 0 48.1-33.6 69-27 13.7 34.7 5.2 61.4 2.6 67.9 16 17.7 25.8 31.5 25.8 58.9 0 96.5-58.9 104.2-114.8 110.5 9.2 7.9 17 22.9 17 46.4 0 33.7-.3 75.4-.3 83.6 0 6.5 4.6 14.4 17.3 12.1C428.2 457.8 496 362.9 496 252 496 113.3 383.5 8 244.8 8zM97.2 352.9c-1.3 1-1 3.3.7 5.2 1.6 1.6 3.9 2.3 5.2 1 1.3-1 1-3.3-.7-5.2-1.6-1.6-3.9-2.3-5.2-1zm-10.8-8.1c-.7 1.3.3 2.9 2.3 3.9 1.6 1 3.6.7 4.3-.7.7-1.3-.3-2.9-2.3-3.9-2-.6-3.6-.3-4.3.7zm32.4 35.6c-1.6 1.3-1 4.3 1.3 6.2 2.3 2.3 5.2 2.6 6.5 1 1.3-1.3.7-4.3-1.3-6.2-2.2-2.3-5.2-2.6-6.5-1zm-11.4-14.7c-1.6 1-1.6 3.6 0 5.9 1.6 2.3 4.3 3.3 5.6 2.3 1.6-1.3 1.6-3.9 0-6.2-1.4-2.3-4-3.3-5.6-2z"></path></svg> [Soma-Dos-Quadrados/introduccionalR](https://github.com/Soma-dos-Quadrados/introduccionalR) - <svg viewBox="0 0 576 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M549.655 124.083c-6.281-23.65-24.787-42.276-48.284-48.597C458.781 64 288 64 288 64S117.22 64 74.629 75.486c-23.497 6.322-42.003 24.947-48.284 48.597-11.412 42.867-11.412 132.305-11.412 132.305s0 89.438 11.412 132.305c6.281 23.65 24.787 41.5 48.284 47.821C117.22 448 288 448 288 448s170.78 0 213.371-11.486c23.497-6.321 42.003-24.171 48.284-47.821 11.412-42.867 11.412-132.305 11.412-132.305s0-89.438-11.412-132.305zm-317.51 213.508V175.185l142.739 81.205-142.739 81.201z"></path></svg> [/somaquadrados](https://www.youtube.com/channel/UC8_OHjnszxRiit92ZJlNH4A) - <svg viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M391.17,103.47H352.54v109.7h38.63ZM285,103H246.37V212.75H285ZM120.83,0,24.31,91.42V420.58H140.14V512l96.53-91.42h77.25L487.69,256V0ZM449.07,237.75l-77.22,73.12H294.61l-67.6,64v-64H140.14V36.58H449.07Z"></path></svg> [/somadosquadrados](https://www.twitch.tv/somaquadrados) - <svg viewBox="0 0 512 512" style="height:1em;position:relative;display:inline-block;top:.1em;fill:#000000;" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg"> <path d="M459.37 151.716c.325 4.548.325 9.097.325 13.645 0 138.72-105.583 298.558-298.558 298.558-59.452 0-114.68-17.219-161.137-47.106 8.447.974 16.568 1.299 25.34 1.299 49.055 0 94.213-16.568 130.274-44.832-46.132-.975-84.792-31.188-98.112-72.772 6.498.974 12.995 1.624 19.818 1.624 9.421 0 18.843-1.3 27.614-3.573-48.081-9.747-84.143-51.98-84.143-102.985v-1.299c13.969 7.797 30.214 12.67 47.431 13.319-28.264-18.843-46.781-51.005-46.781-87.391 0-19.492 5.197-37.36 14.294-52.954 51.655 63.675 129.3 105.258 216.365 109.807-1.624-7.797-2.599-15.918-2.599-24.04 0-57.828 46.782-104.934 104.934-104.934 30.213 0 57.502 12.67 76.67 33.137 23.715-4.548 46.456-13.32 66.599-25.34-7.798 24.366-24.366 44.833-46.132 57.827 21.117-2.273 41.584-8.122 60.426-16.243-14.292 20.791-32.161 39.308-52.628 54.253z"></path></svg> [@somadosquadrados](https://twitter.com/somaquadrados) ### Marília Melo Favalesso - 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